Omurga sağlığını düzeltmek ve skolyoz, kifoz gibi omurga sorunları, bel ve boyun fıtıkları, kas ve tendon yaralanmaları, omuz eklemi yaralanmaları, kas spazmları, fibromiyalji, menüsküs gibi diz ve kalça problemleri, korunmak ve tedavi etmek amacıyla uygulanan kişiye özel egzersizler bütününe klinik pilates adı verilir.

Fizyoterapistler tarafından rehabilitasyonda kullanılmak amacıyla dizaynedilen klinik pilateste hareketler kişiye özeldir, egzersizler hastanın klinik tablosuna bağlı olarak planlanır. Klinik pilates standart fizik tedavinin ardından tamamlayıcı olarak da kullanılmaktadır.

Klinik pilates metodunun sekiz anahtar prensibi vardır. Bunlar; omurgaya odaklanma, konsantrasyon, solunum kontrolü, hareketlerin kontrolü, kararlılık, hareketlerde akışkanlık, hareketlerin izolasyonu ve tekrarıdır. Egzersiz programında bu prensipler doğru şekilde uygulandığında omurga ve destek veren kaslarda kuvvetlenme ve destek sağlanır.